氨基酸锰在动物体内的生物学作用与酶的功能有关，主要是作为辅基参与酶的构成或是作为酶的激活剂对酶的活性产生影响。氨基酸锰在体内通过对一些关键酶的影响直接或间接参与碳水化合物、脂肪和蛋白质等物质的代谢。Baly等研究锰充足和锰不足对0~30日龄大鼠巧脏中两种主要的糖异生酶（丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶）活性的影响，发现在0~3日龄正常组丙酮酸羧化酶活性升高1.5倍，缺锰组升高2.4倍，磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶活性分别增加1.5倍和2.2倍，８天后缺锰组的磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶活性只有对照组的60％。在1~2d中缺锰组血清葡萄糖浓度显著低于对照組，并且伴随着较高的死亡率。该试验说明缺锰可能会损害新生儿的葡萄糖稳态，对碳水化合物代谢有不良影响。Baly等后来试验显示缺锰大鼠的脂肪细胞葡萄糖转运的最大转运速度要显著低于对照组，而且胰岛素促进葡萄糖氧化为二氧化碳和甘油三脂的过程的效率是较低的，尽管两组动物的胰岛素受体亲和力没有显著差异，但是缺锰组大鼠的胰岛素受体显著少于对照组。锰在有磷酸呲哆醇的存在下与氨基酸螯合成螯合物参与氨基酸代谢。锰对脂类代谢也有影响，脂肪酸的合成等系列反应均需锰的参与。王美玲等的研究显示添加锰可以减少肉仔鸡腹脂沉积。另有研究显示缺锰不会导致禽类及肉牛胆固醇和脂质代谢的显著变化。